EL SISTEMA PENITENCIARIO MILITAR TIENE SUS ANTECEDENTES AL IGUAL QUE SUS SIMILARES DEL FUERO FEDERAL Y COMÚN, EN LOS MISMOS EN QUE SE SUSTENTA EL SISTEMA PENITENCIARIO MEXICANO, EMANADOS DEL ARTÍCULO 18 CONSTITUCIONAL, Y ENCUENTRA SU FUNDAMENTO LEGAL EN EL ARTÍCULO 13 DE LA CONSTITUCIÓN FEDERAL, EL CUAL DECLARA LA SUBSISTENCIA DEL FUERO DE GUERRA PARA LOS DELITOS Y FALTAS CONTRA LA DISCIPLINA MILITAR; PRINCIPIO CONSTITUCIONAL DE DONDE DERIVA LA FACULTAD DE LA JUSTICIA CASTRENSE, PARA SANCIONAR DENTRO DE ESTE FUERO, AL PERSONAL MILITAR QUE TRASGREDE LAS LEYES O REGLAMENTOS CASTRENSES Y EN DONDE PARA LA DEBIDA EJECUCIÓN DE LAS CONDENAS PRIVATIVAS DE LIBERTAD, REQUIERE DE CENTROS DE RECLUSIÓN, EN DONDE LOS SENTENCIADOS CUMPLAN LAS PENAS IMPUESTAS.

EL SISTEMA PENITENCIARIO MILITAR, SE COMPONE DE PRISIONES MILITARES Y UN CONJUNTO DE NORMAS HOMOLOGADAS EN LA CONSTITUCIÓN FEDERAL, LEY ORGÁNICA DE LA ADMINISTRACIÓN PÚBLICA FEDERAL, LEY ORGÁNICA DEL EJÉRCITO Y FUERZA AÉREA MEXICANOS, REGLAMENTO INTERIOR DE LA SECRETARÍA DE LA DEFENSA NACIONAL Y REGLAMENTO GENERAL DE PRISIONES MILITARES, ESTE ÚLTIMO ORDENAMIENTO, REGULA LA ORGANIZACIÓN Y FUNCIONAMIENTO DE LAS PRISIONES CASTRENSES.

POR OTRA PARTE LA ORGANIZACIÓN DEL SISTEMA PENITENCIARIO MILITAR, SE ENCUENTRA ESTRUCTURADO POR LA SECRETARÍA DE LA DEFENSA NACIONAL, DIRECCIÓN GENERAL DE JUSTICIA MILITAR Y TRES PRISIONES MILITARES QUE INTEGRAN ESTE SISTEMA, UBICADAS EN LAS CIUDADES DE MÉXICO D.F., GUADALAJARA JAL. Y MAZATLÁN SIN.